История эстонских формирований СС в годы Второй мировой войны начинается с занятия ЭССР немецкими войсками. При помощи Абвера и СД стали образовываться «отряды самообороны» («Омакайтсе»). К 1 ноября 1941 г. ими было проведено 5033 облавы, арестовано 41135 человек, из которых казнены на месте «из-за оказанного сопротивления» 7357 человек. Общую координацию действий «Омакайтсе» осуществлял командир «айнзатцкоммандо 1А» штурмбанфюрер СС Мартин Зандбергер, отвечавший в Эстонии за физическую ликвидацию евреев, коммунистов и советских служащих высшего и среднего звена. М. Зандбергер отмечал, что без помощи эстонских «отрядов самообороны» он физически был не в состоянии выполнить поставленные перед ним задачи. После войны М. Зандбергер был осуждён властями США как военный преступник, повинный в убийстве десятков тысяч мирных граждан.
Оккупировав территорию ЭССР, немецкое командование объявило её собственностью «Великой Германии» и включило в состав рейхскомиссариата «Остланд». Сразу же начались массовые убийства гражданского населения, особенно русских и евреев. Бригаденфюрер СС В. Шталекер (руководивший СС и политической полицией в «Остланде») докладывал 25 октября 1941 года руководителю Главного управления имперской безопасности (РСХА) Р. Гейдриху: «В Эстонии благодаря сравнительно небольшому количеству евреев не представлялось возможным провоцировать погромы… Большая часть тех 4500 евреев, которые жили в Эстонии в начале наступления на Востоке, бежала вместе с отступающими войсками Красной Армии. Осталось около 2000 человек. В одном Таллине жило около 1000 евреев. Арест всех евреев мужского пола в возрасте старше 16 лет был почти закончен. Все они были казнены «частями самообороны» под руководством «айнзатцкоммандо 1А».
26-29 сентября 1941 г. эстонские «силы самообороны» уничтожили 440 арестованных ими евреев (по другим данным — 474). Имущество казненных частично передавалось немцами в распоряжение «сил самообороны».
Помимо евреев, эстонская полиция и «силы самообороны» ликвидировали сторонников советской власти (к которым зачастую причислялись все русские жители некоторых городов и сел). После занятия Вермахтом Тарту летом-осенью 1941 года, в противотанковом рву под городом (в населённом пункте Лемматси) отрядами «Омакайтсе» было убито более 12 тысяч мирных жителей и советских военнопленных.
После захвата немецко-фашисткими войсками Таллина эстонская политическая полиция к 19 декабря 1941 года арестовала только в столице Эстонии и ее окрестностях 4365 человек. Узников Таллинской тюрьмы расстреливали по спискам, которые утверждал начальник политической полиции Э.Викс, заслуживший прозвище «эстонского Эйхмана» (до 1940 года он был комиссаром политической полиции Эстонии в Куресааре).
В октябре 1942 года списком были расстреляны как «неполноценный расовый элемент» 243 цыгана, содержавшихся в концлагере Харку. Э.Викс с гордостью докладывал М. Зандбергеру, что только 16 апреля 1942 года из Центральной Таллинской тюрьмы было вывезено на расстрел 67 человек.
После так называемой «конференции Ваннзее» в Берлине в январе 1942 года, на которой было принято решение о полном уничтожении евреев в Европе, в эстонской политической полиции по образцу гестапо был образован специальный отдел Б-IV под руководством Ю. Эннока, занимавшийся «окончательным решением еврейского вопроса», что привело к тому, что уже в феврале 1942 года В. Шталекер рапортовал в Берлин о выполнении задачи.
После решения «еврейского вопроса» в Эстонии эстонские полицейские части принимали участие в ликвидации евреев, привозимых в страну из стран Европы, в основном из Чехии. Например, 5 сентября 1942 года в местечко Каасику прибыл эшелон с 1000 евреев из гетто Терезиенштадт. Все они были расстреляны сотрудниками эстонской политической полиции. Через неделю такая же судьба постигла и евреев, доставленных из Берлина.
Как отмечается в материалах Международной комиссии по расследованию преступлений против человечности под эгидой Президента Эстонии, эстонские полицейские также принимали непосредственное участие в сопровождении перевозимых из Вильнюса евреев в концентрационные лагеря в Эстонии, охране аналогичных лагерей в Вайваре, Тарту, Ягала, Таллине, лагерей для советских военнопленных, в которых совершались многочисленные казни заключенных, охране перевалочного лагеря для евреев в Избике (Польша), где было умерщвлено значительное количество евреев, а также еврейских гетто в Лодзи, Пшемышле, Жешуве и Тарнополе.
В 1943—1944 годах в концлагерь Клоога (охрану которого нес 287-й эстонский полицейский батальон) были доставлены несколько тысяч евреев из гетто Каунаса, Вильнюса, концлагеря Саласпилс в Латвии и Трансильвании, которых впоследствии использовали на торфоразработках. Когда в сентябре 1944 года. части Красной Армии неожиданно для вермахта прорвались почти к самому лагерю, эстонские полицейские, как отмечается в отчете Международной комиссии по расследованию преступлений против человечности при Президенте Эстонии, принимали непосредственное участие в расстреле 2000 узников. Буквально за несколько дней до освобождения Таллина под руководством Э. Викса было расстреляно около тысячи узников Центральной тюрьмы.
Инициатива создания эстонского национального подразделения СС и его детального формирования принадлежит главе «эстонского самоуправления» Х. Мяэ, выступившему 26 августа 1942 г. с призывом создать эстонский легион СС. Через несколько дней Генеральный комиссар Эстонии К.Лицман объявил о приказе А. Гитлера об образовании «Добровольческого эстонского легиона СС», создаваемого как часть немецких войск СС, подчиненных рейхсфюреру СС Г. Гиммлеру.
Формироваться эстонский легион СС начал только 8 февраля 1943 года, а до этого времени усилиями немецких властей и местных коллаборационистов проводилась подготовительная работа. За это время было создано «Общество друзей эстонского легиона СС», на которое возлагалась работа по вербовке и первичной подготовке добровольцев.
В соответствии с уставом войск СС комплектование эстонского легиона СС производилось на добровольной основе, причем желающие служить в этом подразделении должны были по здоровью и идейным соображениям соответствовать требованиям войск СС. Лицам, зачисленным в легион и ранее имевшим офицерские и унтер-офицерские звания, после испытательного срока присваивались соответствующие этим воинские звания войск СС. Вступившие в легион направлялись в учебный центр в Дембице (Польша), где через 3 месяца учебы принимали присягу на верность нацистской Германии. К 31 марта 1943 года легион насчитывал 37 офицеров, 175 унтер-офицеров и 757 солдат эстонской национальности. В его состав также вошли 2 старших, 24 младших офицера и 62 рядовых специального батальона «Остланд».
Как свидетельствуют архивные документы немецкого командования того периода, 3-я эстонская добровольческая бригада СС вместе с другими подразделениями немецкой армии проводила карательные операции «Хейнрик» и «Фриц» по ликвидации советских партизан в районе Полоцк-Невель-Идрица-Себеж, которые проводились в октябре-декабре 1943 года ЦГА Литовской ССР, ф. Р-1399, оп.1, ед.х.61, личное дело № 195. По данным того же архива, в карательной экспедиции «Фриц» принимали также участие 288, 286, 313 и другие эстонские полицейские батальоны, входившие в состав эстонской бригады СС. Они участвовали в боях с партизанами, расстрелах мирного населения, грабежах, уничтожении целых деревень в Белоруссии и массовой отправке мирного населения в Германию. Там же, ф.240, оп.1 д.7, личное дело 52-55) Карательные налёты 3-й эстонской бригады СС продолжались до конца декабря 1943 г.
До января 1945 года части дивизии участвовали в боях в Восточной Пруссии. 13 января 1945 года дивизия в полном составе была направлена на фронт в район немецкого города Виттенберг, где вместе с другими немецкими соединениями была окружена частями Красной Армии.
С боями дивизия вышла из окружения и отступила на территорию Чехословакии, где оставалась до полного разгрома немецких войск. 11 мая 1945 года под г. Мельник, недалеко от Праги, основная масса личного состава была взята в плен частями Красной Армии. однако часть эстонских солдат и офицеров (включая 3 тыс. человек из учебно-запасного полка дивизии) отступили на запад и сдались англо-американским войскам.
